本剧讲述了一位人称“金针王三怪”的国医旷世奇才、二十余年完成了由旧军医到人民军队杰出将领的蜕变。山东名医王怀远，医术高超、不拘常法，人送美号“金针王三怪”。在军阀混战中，他被裹挟进入军阀张宗昌的队伍，担任了军医官，并且在战火的熏陶中掌握了出色的军事指挥本领。后来，为了寻找家传医书《火器医鉴》和报答匪王梁鼎山的救子之义，王怀远深入虎穴、加入绿林武装“虎旗军”，凭借自己过人的医术和出色的军事谋略，赢得众位弟兄的信任，当上“虎旗军”的总旗主。此后，在共产党人赵化民的引导、教育下，王怀远把“虎旗军”改造为保民护民

战国时期，一场变故让赵国公主半夏沦为孤儿。她流落民间，结识神医苍术的两个徒弟狗宝和独活，以及巫医葛根的女儿丁香。四个人青梅竹马，一起长大。半夏的恋人独活医术高超，但贪恋荣华，背信弃义。半夏逐渐发现狗宝才是她一生所爱。 狗宝出身卑贱，擅出奇招看病，一生理想只在悬壶济世。可命运一次又一次把他拖 入危机中。狗宝坚守正义，固守医道，在丁香、葛根、半夏以及几个徒弟的帮助下 ，潜心研修医术，用神奇的医术多次挫败独活的阴谋。独活多行不义必自毙。狗宝最终也实现人生理想，远离恩怨是非，带着恋人丁香游历民间，终生为百姓治病，

东方靖琪2岁时家中巨变，被义父吴啸天收养，教授其医术。义父临死前让东方靖琪不忘家仇。后东方靖琪为复仇进入药商杜远山府上做丫鬟。当东方靖琪达到自己目的时，并且给了东方靖琪盘缠让其离开杜家。后杜府面临困境，东方靖琪因怀愧疚愿回杜家帮助渡过难关。杜远山之子杜明海早已对东方靖琪有情，他信东方靖琪真心帮助杜府，杜府上下却误会东方靖琪，杜远山却让她再进杜府。东方靖琪展示非凡医术和管理能力，成为杜府大管家，杜远山临终前将家业托给东方靖琪，东方靖琪也找到了失散的哥哥，即杜府大少爷杜明江，走上不归路。抗战爆发后，东方靖琪坚

昆仑之虚，掩于山海之中，滋养了无数生灵。这里的昆仑医馆医术精湛，但却有一种病千百年来无药可医——黑灵。医师白泽致力对抗黑灵，却自以为是毁了整个大岛，被逐出医馆。七年后，白泽的医术突飞猛进却受人白眼无法行医，想借医馆选举一雪前耻，却在阴差阳错之下，与自卑的麒麟男孩羿一起踏上了荒芜的大岛，进行一场救赎之旅。黑灵爆发危机在即，他们能否解开黑灵背后的秘密，拯救万物天地，又是否能点亮昆仑众生心中的那束光？